ATA
               MO640 - Biologia Computacional
                   Prof: João Meidanis
                   Autor: Rajiv Andrade
   :::Exercício resolvido em sala de aula no dia 30/09/2008:::

1)
Sequências no formato 
[id (Tamanho) (s:normal / r:complemento reverso) Sequência de bases ]:
Nota: a sequência com id = 2*i + 1 é o complemento reverso da sequência cujo id = 2*i, para i de 0 a 7.

000 (19) (s): ATCCGTTGAAGCCGCGGGC
001 (19) (r): GCCCGCGGCTTCAACGGAT

002 (11) (s): TTAACTCGAGG
003 (11) (r): CCTCGAGTTAA

004 (14) (s): TTAAGTACTGCCCG
005 (14) (r): CGGGCAGTACTTAA

006 (12) (s): ATCTGTGTCGGG
007 (12) (r): CCCGACACAGAT

008 (14) (s): CGACTCCCGACACA
009 (14) (r): TGTGTCGGGAGTCG

010 (20) (s): CACAGATCCGTTGAAGCCGC
011 (20) (r): GCGGCTTCAACGGATCTGTG

012 (13) (s): CTCGAGTTAAGTA
013 (13) (r): TACTTAACTCGAG

014 (14) (s): CGCGGGCAGTACTT
015 (14) (r): AAGTACTGCCCGCG

Como resultado do algoritmo do Aluno Victor, obteve-se 330 overlaps, entretanto vários estavam contidos dentro de overlaps maiores. Após remoção dos contidos com 'regular expressions', e considerando que se duas seqüências exibem overlap seus complementos reversos também exibirão, de forma que basta manter um dos alinhamentos nestes casos, obtivemos os seguintes overlaps:

Sequência 000: ATCCGTTGAAGCCGCGGGC
Sequência 005:               CGGGCAGTACTTAA

Sequência 000:      ATCCGTTGAAGCCGCGGGC
Sequência 010: CACAGATCCGTTGAAGCCGC

Sequência 000: ATCCGTTGAAGCCGCGGGC
Sequência 014:             CGCGGGCAGTACTT

Sequência 002: TTAACTCGAGG
Sequência 012:     CTCGAGTTAAGTA

Sequência 002:    TTAACTCGAGG
Sequência 013: TACTTAACTCGAG

Sequência 004:       TTAAGTACTGCCCG
Sequência 012: CTCGAGTTAAGTA

Sequência 004: TTAAGTACTGCCCG
Sequência 015:   AAGTACTGCCCGCG

Sequência 006: ATCTGTGTCGGG
Sequência 009:    TGTGTCGGGAGTCG

Sequência 006:              ATCTGTGTCGGG
Sequência 011: GCGGCTTCAACGGATCTGTG

Sequência 012: CTCGAGTTAAGTA
Sequência 015:         AAGTACTGCCCGCG


2)
Montagem do contig utilizando os overlaps:

008 - CGACTCCCGACACA
007 -      CCCGACACAGAT
010 -           CACAGATCCGTTGAAGCCGC
000 -                ATCCGTTGAAGCCGCGGGC
014 -                            CGCGGGCAGTACTT
005 -                              CGGGCAGTACTTAA
013 -                                     TACTTAACTCGAG
003 -                                        TTAACTCGAGG
CON - CGACTCCCGACACAGATCCGTTGAAGCCGCGGGCAGTACTTAACTCGAGG

Tamanho do contig: 49