Para conseguir cobertura 5X num genoma bacteriano de 3 Mbp, quantas placas de 384 poços tem que ser seqüenciadas? Considere que cada leitura fornece 800 bases em média.
Que cobertura consegue-se para um genoma de 4 Mbp com uma corrida de piroseqüenciamento? Considere que uma corrida média resulte em 300 mil leituras de cerca de 100 bases cada.
Considere um DNA de dupla fita do qual foram amostrados 7 fragmentos, numerados de 1 a 7, que exibem similaridade prefixo-sufixo (ends free) conforme a lista abaixo. Na lista, "i" significa início e "f" significa final. Assim, por exemplo, "1f4i"deve ser interpretado como "o final de 1 é similar ao início de 4".
Monte estes fragmentos respeitando as similaridades. Tente formar um único contig. Existem ambigüidades na montagem?
Mesma questão anterior, mas com os seguintes dados (11 fragmentos):
Existem ambigüidades na montagem?
Repita o problema anterior, porém com a informação adicional de que 6 e 1 são pontas de um mesmo clone, assim como 3 e 4.
© 2007 João Meidanis