Ata dos exercícios resolvidos na aula do dia 26/03/2007, sobre o modelo de Jukes-Cantor.

 

1) Duas seqüências de DNA de 53 caracteres diferem em 5 posições. Admitindo que sua evolução segue o modelo de Jukes-Cantor, qual é a distância de Jukes-Cantor entre elas?

 

p = taxa observada

p = 5/53

 

d_T = - (3/4)*ln(1 – (4/3)*p)

d_T = - ( 0.75)*ln(1 – (4/3)*(5/53))

d_T = - (0.75)*ln(0.874213836)

d_T = - (0.75)*(-0.134430269)

d_T = 0.1008227

 

2) Calcule a distância de Jukes-Cantor entre as seqüências abaixo:

CTAGGCTTACGATTACGAGGATCCAAATGGCACCAATGCT
CTACGCTTACGACAACGAGGATCCGAATGGCACCATTGCT

p = taxa observada

p = 5/40 = 1/8

 

d_T = - (3/4)*ln(1 – (4/3)*p)

d_T = - ( 0.75)*ln(1 – (4/3)*(1/8))

d_T = - (0.75)*ln(0.833333333)

d_T = - (0.75)*(-0.182321556)

d_T = 0.136741167

 

Redator da ata: Pettras Leonardo Bueno dos Santos