1.
Considere os genomas circulares (-b a c -i
e f h -d -g) e (d -a h c b e -i -g f), onde apenas uma das fitas de cada genoma
é mostrada para abreviar. Calcule σπ-1 (não esqueça de considerar
as duas fitas). A partir deste cálculo, tente determinar as seguintes
informações relativas a este par de genomas:
1.
o número de ciclos
2.
se um ciclo é bom ou ruim
Resolução:
σ = (d -a h c b e -i -g f) (-f g i –e –b –c
–h a -d)
π = (-b a c -i e f h -d -g) (g d –h –f –e i –c
–a b)
π-1 =
(-g -d h f e -i c a -b) (b -a -c i -e -f -h d g)
σπ-1
= (a –c –e g e –g –f ) (b h d
i –b f –i ) (c –d ) (-a –h )
Respostas:
1- Numero de Ciclos : 2 . Cada par de
ciclo de mesmo tamanho em σπ-1 corresponde a um ciclo no
grafo.
2- Ciclo Bom
: 1 => (a –c
–e g e –g –f ) (b h d i –b f –i )
Ciclo Ruim : 1 => (c
–d ) (-a –h )
O ciclo é bom
quando os elementos do ciclo não estão na mesma fita em π.
2.
Mesma questão para os genomas (-0 -11 -12 -17 -14 -15 -16 -13 -10
-8 -9 -7 -4 +6 +5 -1 -2 -3) em relação a (+0 +1 +2 +3
+4 +5 +6 +7 +8 +9 +10 +11 +12 +13 +14 +15 +16 +17), onde novamente apenas uma
das fitas é mostrada.
Resolução:
σ = (+0 +1 +2 +3 +4
+5 +6 +7 +8 +9 +10 +11 +12 +13 +14 +15 +16 +17)
(-17 -16 -15 -14 -13 -12
-11 -10 -9 -8 -7 -6 -5 -4 -3 -2 -1 -0)
π = (-0 -11 -12 -17
-14 -15 -16 -13 -10 -8 -9 -7 -4 +6 +5 -1 -2 -3)
(+3 +2 +1 -5 -6 +4 +7 +9
+8 +10 +13 +16 +15 +14 +17 +12 +11 +0)
π-1 =
(-3 -2 -1 +5 +6 -4 -7 -9 -8 -10 -13 -16 -15 -14 -17 -12 -11 -0)
(+0 +11 +12 +17 +14 +15
+16 +13 +10 +8 +9 +7 +4 -6 -5 +1 +2 +3)
σπ-1
= (-3 -1 +6) (-2 -0) (+5 +7) (-4 -6) (-7 -8 -9) (-10 -12) (-13 -15) (-16 -14)
(-17 -11) (+0 +12) (+11
+13) (+17 +15) (+14 +16) (+10 +9 +8) (+4 -5 +2) (+1 +3)
Respostas:
1- Numero de Ciclos : 8 . Cada par de
ciclo de mesmo tamanho em σπ-1 corresponde a um ciclo no
grafo.
2- Ciclo bom : 1 => (+5 +7) (-4 -6)
Ciclo Ruim
: 7 => os outros
O ciclo é bom quando os
elementos do ciclo não estão na mesma fita em π.