Aluno: George B. P. Bezerra - RA 003030     

                                             Ata da Aula 3

Assuntos discutidos:

1. Desafios da bioinformática para os biólogos.
    A turma discutiu sobre os desafios da bioinformática segundo os biólogos. O instrutor perguntou aos alunos quais problemas serão resolvidos mais rapidamente. Opinou-se que os desafios envolvendo predição e transcrição serão resolvidos primeiro.

2. Desafios da bioinformática para a ciência da computação.
    Tentamos determinar qual o desafio de bioinformática relativo à ciência da computação seria o mais difícil. Não se chegou a um
consenso.

3. XML como forma de estruturar a informação.
    Chegou-se a conclusão que a linguagem XML não é totalmente adequada para gerenciar a informação biológica. Isto poque os dados assumem tamanhos muito grandes como essa linguagem e, além disso, a sua semântica deixa a desejar. As metodologias utilzadas atualmente ainda não são perfeitamente adequadas para a bioinformática porque os dados biológicos costumam ser multivariados
e muitas vezes descritivos, o que dificulta uma boa estruturação.

4. DNA como forma de armazenar informação computacional.
    Foi discutido em sala sobre a possibilidade de se inspirar na natureza e utilizar em computador uma armazenagem de dados análoga à forma como o DNA armazena informação biológica. Embora existam inúmeros paradigmas de computação que utilizam inspiração na biologia, como computação evolutiva, redes neurais arificiais, sitemas baseados em colônias de formigas, etc., chegou-se a um consenso de que a forma como uma célula se estrutura é muito diferente da maneira como a computação é feita. Células são o resultado emergente de um conjunto auto organizado de partículas que intergem em eventos paralelos. Em computação, o processamento não é inerentemente paralelo e é previsível. São paradigmas muito diferentes.

5. cDNAs.
    cDNA é uma molécula de DNA sintetizada em laboratório através da transcrição de um RNA que consiste de uma EST (Expressed Sequence Tag). Os cDNAs correspondem à informação presente nos genes que é utilizada na síntese de proteínas. Eles apresentam a vantagem de serem mais estáveis que os RNA.

6. Montagem de seqüências.
    Para fragmentar o DNA com o objetivo de seqüenciar, ao contrário do que a maioria da turma achava, não se utiliza enzimas de restrição. A melhor solução é utilizar métodos que fazem uma quebra aleatória da molécula, como o que utiliza ondas sonoras para provocar vibrações no DNA.

7. Mapas físicos.
    Mapas físicos são uma forma de representação de posições específicas, em termos de seqüência linear, de uma molécula (DNA, RNA ou proteína). Estas posições específicas são chamadas marcos, e podem representar qualquer informação de interesse, como a localização de genes, sítios de restrição, aminoácidos específicos, promotores, etc.

8. Árvores filogenéticas.
    Árvores filogenéticas são grafos que representam grau de parentesco entre espécies. O comprimento de um ramo representa a distância em termos de parentesco entre duas espécies relacionadas. O nível de correlação entre espécies é é um dos dados de entrada do probelma e pode, por exemplo, ser determinado através da similaridade de regiões conservadas de DNA. Descobrir a estrutura de uma árvore é geralmente uma tarefa complicada.