Defesa de Dissertação de Mestrado: André Willik Valenti
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Defesa de Dissertação de Mestrado: Maria Angélica Lopes de Souza
Alinhamento Progressivo de Sequências de Proteínas.
| What | Defesa de Mestrado |
|---|---|
| When |
23/07/2010 from 10:00 to 12:00 |
| Where | Auditório do IC - Sala 85 - IC 2 |
| Add event to calendar |
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|
O alinhamento múltiplo de sequências é uma tarefa de grande relevância em Bioinformática. Através dele é possível estudar eventos evolucionários e restrições estruturais ou funcionais de seqüências de proteína, DNA ou RNA, o que torna possível entender a estrutura, função e evolução dos genes que compõem um organismo.
No alinhamento múltiplo de seqüências busca-se alcançar aquele que melhor represente o cenário de evolução das seqüências, considerando a ocorrência de diferentes eventos de mutação que podem ocorrer na evolução.
Encontrar um alinhamento múltiplo de sequências ótimo é um problema NP-Completo. Desta forma, diversas abordagens têm sido desenvolvidas no intuito de encontrar uma solução aproximada que represente da melhor forma possível o cenário de evolução real, dentre elas está à abordagem progressiva.
O alinhamento progressivo é uma das maneiras mais simples de se realizar o alinhamento múltiplo, utiliza pouco tempo e memória computacional. É realizado em três etapas principais: determinar a distância entre as seqüências que serão alinhadas, construir uma árvore guia a partir das distâncias e finalmente gerar o alinhamento múltiplo guiado pela árvore.
Este trabalho foi desenvolvido a partir do estudo de diferentes métodos para realizar cada etapa de um alinhamento progressivo. E teve como objetivo combinar esses métodos na construção de diferentes alinhadores, estudar os parâmetros que melhor se adequavam a cada tipo de alinhador e compará-los utilizando conjuntos do BAliBASE. Observamos que os melhores alinhadores foram aqueles que utilizam o agrupamento de perfil para gerar o alinhamento múltiplo, com destaque para os que utilizam as pontuações afim e logarítmica.
Concurso Público para Professor Doutor - MS-3
