Defesa de Dissertação de Mestrado: André Willik Valenti
Document Actions
Defesa de Dissertação de Mestrado: Karina Zupo de Oliveira
Construção de Filogenias Baseadas em Genomas Completos.
| What | Defesa de Mestrado |
|---|---|
| When |
05/03/2010 from 14:00 to 16:00 |
| Where | A definir: Informe-se na Secretaria de Cursos do IC |
| Add event to calendar |
vCal
iCal
|
Contexto: A classificação de espécies começou sendo determinada pelas características fenotípicas dos organismos. Logo que o DNA foi descoberto, o sistema de classificação passou também a utilizar-se das características genotípicas. Ao longo dos últimos anos, avanços científicos permitiram que fossem sequenciados genomas completos. A cada ano, o número de genomas completamente sequenciados aumenta, e, com isso, é cada vez maior o número de trabalhos que tentam utilizar-se do maior número possível de genes para comparar dois ou mais organismos com o objetivo de melhor entender o relacionamento entre as diversas espécies.
Experimento: Este trabalho executa comparações de pares de cromossomos de um grupo de 10 genomas completos da família Vibrionaceae e um genoma completo da bactéria Escherichia coli com externo ao grupo. Este método determina as homologias entre as proteínas através da base de famílias Protein Clusters (NCBI). A seguir, árvores ultramétricas são utilizadas para resolver os casos de paralogias. A classificação COG das proteínas também foi utilizada para auxiliar na determinação das paralogias correspondentes. Após isto, as proteínas classificadas em famílias presentes em apenas um dos cromossomos do par são eliminadas, de forma a igualar o conteúdo dos cromossomos. Tipicamente, 50% das proteínas originais do pares de organismos de mesma família “sobrevivem” para serem utilizadas no cálculo da distância de rearranjo. Menos proteínas sobrevivem nas comparações com a bactéria externa ao grupo. A distância total é calculada pela soma do número de proteínas eliminadas e da distância de ordenação, medida através da distância de rearranjo utilizando o modelo Double Cut-And-Join (DCJ).
Resultados: As comparações produziram matrizes de distâncias utilizadas para inferir árvores filogenéticas através o algoritmo do Neighbor-Joining (NJ). As árvores filogenéticas encontradas mostraram-se congruentes com a árvore produzida pelo gene 16S rRNA, exceto pelo agrupamento dos organismos Vibrio cholerae e Vibrio splendidus. Isto mostra que a comparação de genomas completos é uma proposta sensata. Os desafios agora são aperfeiçoar os detalhes. O material suplementar (Apêndice A) contém uma implementação computacional dos experimentos.
Concurso Público para Professor Doutor - MS-3
